Wahrscheinlich bezieht sich der Name auf eine Grafen-(Gräfen) Burg (Warte), wobei früher an das am Ende befindliche "t" ein Schnörkel angehängt wurde, aus dem sich später das "h" entwickelte. Die Sage berichtet allerdings von einer dem Gatten entfliehenden Gräfin von Schleiz, der ihr Gemahl an der Stelle des Ortes nachgerufen haben soll: "Gräfin warte!". Das ist jedenfalls eine romantischere Version. Die Hauptbeschäftigung der Bevölkerung war natürlich die Landwirtschaft. Eigenartig ist die Tatsache, dass lange Zeit im Ort Gewerbe wie Schuster, Schneider, Bäcker oder Fleischer fehlten. Die Kirche des Ortes wurde in ihrer heutigen Form 1702 errichtet und ersetzte wohl einen wesentlich älteren Vorgängerbau. Durch die Lage an der Wettera, die hier in die Saale mündet, bestand in der Gemarkung des Ortes der Heinrichstaler Hammer. Hier wurde lange Zeit die Eisen- und Stahlproduktion durchgeführt, bis um 1880 die Produktion unrentabel wurde und der Betrieb in eine Mahl- und Schneidemühle umgewandelt wurde. Zwischen dem Heinrichstaler Hammer und dem Klosterhammer lag das 1763 angelegte Eisenhammerwerk Christians- oder Sophiental. Hier bestand ein Zainhammerwerk, in dem das Schmiedeeisen zu Stäben ausgeformt wurde. 1834 wurde der Betrieb aufgegeben und eingeebnet.

Um 1350 gehörten 6 Bauernhöfe zum nahegelegenen Nonnenkloster zum Heiligen Kreuz, in dem meist adelige Töchter versorgt wurden, denen es nicht vergönnt war, zu heiraten. Nach der Reformation ging dieser Besitz an die Landesherrschaft über und wurde 1670 von ihr an 27 Bauern verkauft und somit zerschlagen. Diese "27er Gemeinde" gehörte zwar zur Dorfgemeinde, besaß jedoch darüber hinausgehende Privilegien, unter anderem das Braurecht. Sie arbeitete lange Zeit in einer frühen Form einer späteren Genossenschaft. Einer der Söhne Gräfenwarths war der 1733 hier geborene Nicolaus Niclas. Er wurde in Lüneburg Rektor der Schule und stiftete vor seinem Tode 1808 der Dorfkirche eine neue Orgel.

Nach dem 2. Weltkrieg ließ sich der berühmte Rennfahrer Manfred von Brauchitsch im Ort nieder und führte hier bis zum seinem Tod am 05.02.2003 ein zurückgezogenes Leben.